בן הזקונים של סופיה ואברהם. נולד בא' בטבת תש"ג (9.12.1942) בחַלַבּ שבסוריה. אח לשאול, טוביה, יעקב ומשה.

כשהיה ניסים בן שלושה חודשים, עלה לארץ עם משפחתו במסגרת העלייה הבלתי לגלית. לאחר דרך חתחתים ותלאות רבות הצליחו לעבור את הגבול והתיישבו בכפר סבא. כפעוט חווה את שלהי המנדט הבריטי, את אירועי מלחמת העצמאות ואת הכרזת המדינה. בהמשך ילדותו עבר ללמוד בפנימייה ובה סיים את חוק לימודיו.

בשנת 1960 התגייס לצה"ל והוצב בחיל הקשר (כיום: חיל הקשר והתקשוב). בתום שירותו הסדיר חתם לשירות קבע ועם הזמן היה לאזרח עובד צה"ל.

במהלך שירותו נפצע, אובחן כמי שסובל ממחלת ריאות, שוחרר משירות והוכר כנכה צה"ל.

במרוצת השנים נישא והתגרש. בשנת 1998 פתח פרק ב' בחייו עם ויקטוריה. הם בנו את ביתם ביישוב הקהילתי ביריה שבגליל העליון ולאחר מכן עברו לצפת.

ניסים, סיפרה רעייתו, היה אדם ירא שמיים, איש של חסד ונתינה שהקריב מעצמו למען עזרה לזולת. הרבה להתפלל בקברי צדיקים ושמר באדיקות על כל המצוות – קלה כחמורה. בצד ייסוריו הבריאותיים בעטיה של מחלת הריאות שקיננה בגופו התמיד בעבודת השם, נהנה מסביבה תומכת ומאהבת הבריות והשיב לכולם אהבה. חי כצדיק וכצדיק נאסף אל אבותיו.

ניסים לוי נפטר בליל שבועות, ו' בסיוון תשע"א (7.6.2011), לאחר שלקה בתסחיף ריאתי. בן שישים ותשע בפטירתו. הובא למנוחות בבית העלמין החדש שבצפת. הניח אישה ואחים.

על מצבתו חקקו אוהביו את המילים: "אוהב תורה ולומדיה; התפלל והתחנן לה' יתבוש"ל; בציוני הצדיקים זיע"א עבור הכלל והפרט; במסירות נפש ובדרך קבע; הזדכך בייסורין וקיבלן באהבה".